A második világháború alatt egy angol farmon dolgozott, sikerült elkerülnie a seregbe való besorozást. 1946-ban visszatért Kenyába, a következő évben megválasztották a Kenyai Afrikai Unió (KAU) elnökévé, mely miatt rengeteg támadást kellett elviselnie a fehér telepesek részéről.

Az 1952-tól 1960-ig tartó Mau Mau felkelésben való feltételezett részvételéért (melyet törzse indított a gyarmatosító hatalom ellen) még 1952-ben letartóztatták. Tárgyalása öt hónapig tartott, semmilyen konkrét bizonyítékot nem találtak bűnösségére, ennek ellenére hét év munkatáborra ítélték. 1959-ig ült börtönben, majd próbaidős gyanánt Kenya egyik távoli vidékére száműzték.

1961-ben a KAU mindkét utódpártja, a Kenyai Afrikai Nemzeti Unió (KANU) és a Kenyai Afrikai Demokratikus Unió (KADU) is követelte Kenyatta azonnali szabadon bocsátását. A nyomás hatására végül a gyarmatosító brit hatóságok az év végén szabadlábra helyezték Kenyattát, akit a következő esztendőben megválasztották a KANU elnökévé.

Szervezetével az 1963-as választásokon a 124 helyből 83-at sikerült megszerezniük a siker ellenére a KAU újbóli létrehozására irányuló törekvései azonban kudarcot vallottak. Kenyattát megválasztották a felálló kormány miniszterelnökévé, mely posztot az ország függetlenné válása után is megtartott.

Egy évvel függetlenségének deklarálását követően, 1964. december 12-én Kenyát köztársasággá alakították át. A KADU képviselői beolvadtak a kormánypártba, vagyis kvázi-egypártrendszer alakult ki.

Az évek során Kenyatta politikáját, főként földreformját számos bírálat érte, elsősorban azért mivel a földosztásnak és a korrupciónak köszönhetően a miniszterelnök lett az ország legnagyobb földbirtokosa. Ennek ellenére az 1966-os szavazáson a választópolgárok újra bizalmat szavaztak, a közben Afrika egyik legelismertebb politikusává váló Kenyattának. Újbóli beiktatása után új alkotmányt léptetett életbe, mely jelentősen kiterjesztette jogköreit. Az egypártrendszer deklaratív intézményesülése mellett, magánhadsereget hozott létre, számos politikai ellenfelének haláláért tették felelőssé.